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 === PBS Models ===
-The Astroid PBS machine model (//pbs_machine_spec//) consists of only a small set of parameters:
+Since the Astroid Dosimetry App is primarily concerned with computing proton dose, the Astroid PBS machine model (//pbs_machine_spec//) consists of only a small set of parameters and machine geometric information. Other data, such as device mounting locations and snout extension limits for example, are used at a higher level and such information should have already been used to develop the input data necessary to use the Dosimetry App Dose Calculation Functions. The required beam data is described below:
   * **deliverable_energies**:  List of treatment energies that this machine is actually capable of delivering
-    * For continuous energy machines, this list should be left blank
+    * For continuous energy machines, this list should be left as an empty list
     * For discrete energy machines, this list should contain each energy that can be obtained from the machine
   * **modeled_energies**: List of modeled treatment energies with each item containing the full data necessary to describe the treatment spots
     * Modeled energies provide Astroid with the actual data necessary to compute dose from a PBS beam
-    * Not all deliverable energies need to be modeled and Astroid will use an interpolation/extrapolation approach to compute the necessary data when deliverable energies are not specifically modeled
+    * Not all deliverable energies need to be modeled and Astroid will use an interpolation/extrapolation approach to compute the necessary data when deliverable energies are not specifically modeled; however, such estimation approaches are accurate when Bragg Peak shapes are not changing significantly between provided energies, as such users are encouraged to provide additional model energies if their delivery equipment produces variable shape Bragg Peaks
     * The determination of which energies and how many to model is left to the user, as this is unique to each treatment machine and users should test the accuracy of the dose calculations for a range of energies before beginning clinical use
   * **source_rotation_function**: Function that maps the beam source rotation to the gantry angle
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 == Modeled Energy ==
-Each modeled energy is specified by its energy value (MeV), range/R90 distance (mm), optionally the R100 range (mm), the bragg peak width W80 (mm), the in-air central axis spot size/sigma, and the pristine peak data (Depth dose curve in Gy(RBE)mm^2/Gp for an infinite broad beam at infinite source distance).
+Each modeled energy is specified by its energy value (MeV), range/R90 distance (mm), optionally the R100 range (mm), the bragg peak width W80 (mm), the in-air central axis spot size/sigma at the isocenter plane, and the pristine peak data (Depth dose curve in Gy(RBE)mm^2/Gp for an infinite broad beam at infinite source distance). Note that many of Astroid's PBS energy layer calculation functions utilize the provided W80 value to compute appropriate energy layer spacing.
 <WRAP center round important 60%>
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    "max_mod": 95.490,
    "max_range": 95.490,
-   "min_range": 74.90000000000001,
+   "min_range": 74.9000,
    "mod_correction": [ 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0 ],
    "name": "B3",
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       "outside_domain_policy": "always_zero",
       "samples": [
-         [ -14.51000000000001, 32.88120 ],
+         [ -14.5100, 32.88120 ],
-         [ -13.51000000000001, 32.90570 ],
+         [ -13.5100, 32.90570 ],
-         [ -12.51000000000001, 32.91630 ],
+         [ -12.5100, 32.91630 ],
          .
          .
          .
          [ 92.490, 98.46320 ],
-         [ 93.490, 99.98260000000001 ],
+         [ 93.490, 99.9826000 ],
          [ 94.490, 97.19420 ],
          [ 95.490, 90.0 ],
-         [ 96.490, 75.52679999999999 ],
+         [ 96.490, 75.5267999 ],
          [ 97.490, 60.90950 ],
          [ 98.490, 45.77150 ],
@@ Line 192: / Line 192: @@
    },
    "sdm": [
-.410, 36.7770, -4.19010, 0.31260, -0.009599999999999999, 9.91750, 0.71850
+.410, 36.7770, -4.19010, 0.31260, -0.009599999, 9.91750, 0.71850
    ],
    "source_size_on_track": 12.0,
@@ Line 220: / Line 220: @@
       .
       {
-         "dR": 89.20520000000001,
+         "dR": 89.20520000,
          "theta": 260.990,
          "weight": 0.76350
       },
       {
-         "dR": 94.46290000000001,
+         "dR": 94.462900,
          "theta": 266.60,
          "weight": 0.64430
       },
       {
-         "dR": 99.74160000000001,
+         "dR": 99.74160000,
          "theta": 272.510,
          "weight": 0.58110
@@ Line 240: / Line 240: @@
 </code>
-==== Example 2: Acrylic Proton Material ====
+==== Example 2: PBS Machine ====
+<code json pbs_machine.json>
+{
+    "aperture_sad": [2310.0, 1930.0],
+    "deliverable_energies": [],
+    "halo_sigma_sq_function":
+    {
+        "a": 0.00078,
+        "b": -0.34,
+        "c": 65.0
+    },
+    "modeled_energies": [
+    {
+         "energy": 91.0,
+         "pristine_peak": {
+            "outside_domain_policy": "always_zero",
+            "samples": [
+               [ 0.10, 137.340 ],
+               [ 0.30, 141.930 ],
+               [ 0.50, 143.860 ],
+               [ 0.70, 145.110 ],
+               [ 0.90, 146.240 ],
+               [ 1.10, 147.0 ],
+               [ 1.30, 147.790 ],
+               [ 1.50, 148.610 ],
+               [ 1.70, 149.360 ],
+               [ 1.90, 150.040 ],
+               [ 2.10, 150.70 ],
+               [ 2.30, 151.260 ],
+               [ 2.50, 151.760 ],
+               [ 2.70, 152.140 ],
+               [ 2.90, 152.750 ],
+               [ 3.10, 153.190 ],
+               [ 3.30, 153.490 ],
+               [ 3.50, 153.950 ],
+               [ 3.70, 154.330 ],
+               [ 3.90, 154.620 ],
+               [ 4.10, 154.970 ],
+               [ 4.30, 155.390 ],
+               [ 4.50, 155.790 ],
+               [ 4.70, 156.090 ],
+               [ 4.90, 156.490 ],
+               [ 5.10, 156.860 ],
+               [ 5.30, 157.090 ],
+               [ 5.50, 157.390 ],
+               [ 5.70, 157.710 ],
+               [ 5.90, 157.940 ],
+               [ 6.10, 158.160 ],
+               [ 6.30, 158.280 ],
+               [ 6.50, 158.540 ],
+               [ 6.70, 158.780 ],
+               [ 6.90, 158.990 ],
+               [ 7.10, 159.30 ],
+               [ 7.30, 159.530 ],
+               [ 7.50, 159.70 ],
+               [ 7.70, 160.0 ],
+               [ 7.90, 160.350 ],
+               [ 8.10, 160.640 ],
+               [ 8.30, 160.880 ],
+               [ 8.50, 161.120 ],
+               [ 8.70, 161.270 ],
+               [ 8.90, 161.450 ],
+               [ 9.10, 161.760 ],
+               [ 9.30, 162.120 ],
+               [ 9.50, 162.440 ],
+               [ 9.70, 162.670 ],
+               [ 9.90, 162.890 ],
+               [ 10.10, 163.120 ],
+               [ 10.30, 163.310 ],
+               [ 10.50, 163.460 ],
+               [ 10.70, 163.630 ],
+               [ 10.90, 163.890 ],
+               [ 11.10, 164.210 ],
+               [ 11.30, 164.460 ],
+               [ 11.50, 164.70 ],
+               [ 11.70, 164.990 ],
+               [ 11.90, 165.220 ],
+               [ 12.10, 165.390 ],
+               [ 12.30, 165.60 ],
+               [ 12.50, 165.850 ],
+               [ 12.70, 166.110 ],
+               [ 12.90, 166.410 ],
+               [ 13.10, 166.720 ],
+               [ 13.30, 166.990 ],
+               [ 13.50, 167.240 ],
+               [ 13.70, 167.510 ],
+               [ 13.90, 167.790 ],
+               [ 14.10, 168.090 ],
+               [ 14.30, 168.390 ],
+               [ 14.50, 168.670 ],
+               [ 14.70, 168.920 ],
+               [ 14.90, 169.180 ],
+               [ 15.10, 169.430 ],
+               [ 15.30, 169.710 ],
+               [ 15.50, 169.990 ],
+               [ 15.70, 170.270 ],
+               [ 15.90, 170.520 ],
+               [ 16.10, 170.750 ],
+               [ 16.30, 170.980 ],
+               [ 16.50, 171.240 ],
+               [ 16.70, 171.540 ],
+               [ 16.90, 171.880 ],
+               [ 17.10, 172.240 ],
+               [ 17.30, 172.570 ],
+               [ 17.50, 172.880 ],
+               [ 17.70, 173.170 ],
+               [ 17.90, 173.490 ],
+               [ 18.10, 173.840 ],
+               [ 18.30, 174.20 ],
+               [ 18.50, 174.560 ],
+               [ 18.70, 174.910 ],
+               [ 18.90, 175.240 ],
+               [ 19.10, 175.540 ],
+               [ 19.30, 175.840 ],
+               [ 19.50, 176.160 ],
+               [ 19.70, 176.540 ],
+               [ 19.90, 176.940 ],
+               [ 20.10, 177.330 ],
+               [ 20.30, 177.680 ],
+               [ 20.50, 178.0 ],
+               [ 20.70, 178.320 ],
+               [ 20.90, 178.660 ],
+               [ 21.10, 179.040 ],
+               [ 21.30, 179.440 ],
+               [ 21.50, 179.830 ],
+               [ 21.70, 180.180 ],
+               [ 21.90, 180.50 ],
+               [ 22.10, 180.80 ],
+               [ 22.30, 181.110 ],
+               [ 22.50, 181.440 ],
+               [ 22.70, 181.780 ],
+               [ 22.90, 182.130 ],
+               [ 23.10, 182.480 ],
+               [ 23.30, 182.830 ],
+               [ 23.50, 183.190 ],
+               [ 23.70, 183.550 ],
+               [ 23.90, 183.920 ],
+               [ 24.10, 184.280 ],
+               [ 24.30, 184.630 ],
+               [ 24.50, 184.990 ],
+               [ 24.70, 185.360 ],
+               [ 24.90, 185.730 ],
+               [ 25.10, 186.120 ],
+               [ 25.30, 186.50 ],
+               [ 25.50, 186.880 ],
+               [ 25.70, 187.240 ],
+               [ 25.90, 187.580 ],
+               [ 26.10, 187.910 ],
+               [ 26.30, 188.230 ],
+               [ 26.50, 188.570 ],
+               [ 26.70, 188.920 ],
+               [ 26.90, 189.290 ],
+               [ 27.10, 189.670 ],
+               [ 27.30, 190.060 ],
+               [ 27.50, 190.430 ],
+               [ 27.70, 190.80 ],
+               [ 27.90, 191.150 ],
+               [ 28.10, 191.490 ],
+               [ 28.30, 191.820 ],
+               [ 28.50, 192.140 ],
+               [ 28.70, 192.480 ],
+               [ 28.90, 192.830 ],
+               [ 29.10, 193.190 ],
+               [ 29.30, 193.550 ],
+               [ 29.50, 193.910 ],
+               [ 29.70, 194.280 ],
+               [ 29.90, 194.640 ],
+               [ 30.10, 195.0 ],
+               [ 30.30, 195.370 ],
+               [ 30.50, 195.750 ],
+               [ 30.70, 196.130 ],
+               [ 30.90, 196.530 ],
+               [ 31.10, 196.950 ],
+               [ 31.30, 197.370 ],
+               [ 31.50, 197.80 ],
+               [ 31.70, 198.230 ],
+               [ 31.90, 198.660 ],
+               [ 32.10, 199.090 ],
+               [ 32.30, 199.520 ],
+               [ 32.50, 199.960 ],
+               [ 32.70, 200.40 ],
+               [ 32.90, 200.850 ],
+               [ 33.10, 201.310 ],
+               [ 33.30, 201.780 ],
+               [ 33.50, 202.260 ],
+               [ 33.70, 202.760 ],
+               [ 33.90, 203.280 ],
+               [ 34.10, 203.80 ],
+               [ 34.30, 204.350 ],
+               [ 34.50, 204.90 ],
+               [ 34.70, 205.460 ],
+               [ 34.90, 206.040 ],
+               [ 35.10, 206.620 ],
+               [ 35.30, 207.20 ],
+               [ 35.50, 207.790 ],
+               [ 35.70, 208.380 ],
+               [ 35.90, 208.960 ],
+               [ 36.10, 209.550 ],
+               [ 36.30, 210.150 ],
+               [ 36.50, 210.740 ],
+               [ 36.70, 211.340 ],
+               [ 36.90, 211.930 ],
+               [ 37.10, 212.520 ],
+               [ 37.30, 213.110 ],
+               [ 37.50, 213.690 ],
+               [ 37.70, 214.270 ],
+               [ 37.90, 214.840 ],
+               [ 38.10, 215.420 ],
+               [ 38.30, 215.990 ],
+               [ 38.50, 216.570 ],
+               [ 38.70, 217.150 ],
+               [ 38.90, 217.730 ],
+               [ 39.10, 218.330 ],
+               [ 39.30, 218.940 ],
+               [ 39.50, 219.560 ],
+               [ 39.70, 220.20 ],
+               [ 39.90, 220.830 ],
+               [ 40.10, 221.470 ],
+               [ 40.30, 222.10 ],
+               [ 40.50, 222.720 ],
+               [ 40.70, 223.340 ],
+               [ 40.90, 223.960 ],
+               [ 41.10, 224.590 ],
+               [ 41.30, 225.220 ],
+               [ 41.50, 225.870 ],
+               [ 41.70, 226.520 ],
+               [ 41.90, 227.180 ],
+               [ 42.10, 227.850 ],
+               [ 42.30, 228.530 ],
+               [ 42.50, 229.220 ],
+               [ 42.70, 229.910 ],
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+		.
+		.
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+					.
+					.
+					.
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+==== Example 3: Acrylic Proton Material ====
 <code>
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